在紫外线杀菌方面，杀菌力的大小以相对于处理水时的紫外线照射量mw.s/cm2(紫外线照射强度[mw/cm2×时间]）来表示。紫外线照射击量的大小与杀菌率的大小有相关关系。
核酸（DNA）对于波长250-260mm的紫外线，有特别容易吸收的倾向。这就是为什么这种波长的紫外线杀菌能力最强的缘故。按照要杀灭的微生物所需的紫外线照射量进行来菌处理，而又不使水质发生任何变化，在极短时间内进行一闪性灭菌，效果良好。而且，这种处理是在直管流通型的装置内完成的。
使用紫外线灭菌仪，根据所处理水中的菌种所埯要的紫外线照射量进行照射，可初步发挥效果。因而，所处理水的紫外线透过率是个问题。特别是含有混合物的水或糖液，必须先考虑由于所处理水（液）的紫外线衰减的因素，之后，再选定所需的紫外线照射量。
在选择臭氧发生机时，要以臭氧发生量为标准，而紫外线杀菌装置则以和处理水量有关的紫外线照射量为选择的标准。