1对粉体原料与部分中药原料的灭菌
在密闭容器中通入臭氧，并利用容器中物料的翻动或搅拌作用对粉体原料与部分中药原料进行灭菌，解决了多年对粉体类或部分中药原料难以灭菌的问题。
2密闭容器管道灭菌
对输液、输料管道、过滤系统、物料贮罐、反应罐等密闭容器消毒灭菌，可选用专用臭氧发生器将自备无油气泵制取百级净化压力空气输入臭氧发生室内，生产出300μg/L以上浓度的臭氧化气体，导入需灭菌的设备或系统中。
3对物料、工装模具、工作服等的灭菌
可根据灭菌对象选用臭氧常温灭菌箱或臭氧灭菌烘干箱，如用于粉针生产线中铝塑复合盖灭菌的臭氧常温灭菌箱，解决以往水洗或酒精浸泡后，再经烘箱烘干的多道工序。
4传递窗作用
物料在不同级别的洁净室之间或非洁净室与洁净室之间传递，可用专门设计的带臭氧发生器传递窗。
5在HVAC系统中应用
可根据洁净室的体积，选用适当的臭氧发生器，将外置式臭氧发生器通过接管接入HVAC系统的送、回风主管道的合适位置，其PLC控制系统可预置消毒时间等工艺参数。消毒时，关闭约90%新风进口阀门和回风对外排放阀门，使整个被消毒的洁净室空气通过净化系统风道形成循环状态。每日开机1h进行空气灭菌，可替代化学药剂熏蒸及设备表面灭菌需开机2-2.5h。
也可在洁净区内任何一个具有送回风口洁净室内单机使用，作局部灭菌。
6用于工艺用水处理
对工艺用水可应臭氧发生器做终端灭菌。
臭氧发生器高效率低成本的广谱杀菌消毒功能已经开始逐渐得到广泛应用，现在我国大部分制药、食品厂家已经开始使用臭氧机对生产线及产品进行高效快速消毒杀菌保鲜处理，同时对生产车间进行严格的空气消毒。同时，医疗部门也开始将臭氧引用到人体某些疾病的预防和治疗，医院开始采用臭氧机对排污水进行消毒处理后再排放。城市污水处理系统工程也已经开始使用大型臭氧发生器进行杀菌消毒除味脱色处理