湿地处理系统包括多个种有水生植物的浅水区，水生植物可以处理污水。在浅水区中穿插几个深水区，深水区中的重新布水的层流间断性地流过湿地，固体可收集后定期排除（维护）。重要的是，在深水区设野生生物栖息岛，建造通道使公众能够无需接触湿地便可观赏野生动物和植物。
一些传统的处理系统可用于这些情况。而目前新兴的一种处理工艺是二级处理（传统二级处理或生物塘二级处理）后加人工湿地水处理工程。湿地不仅提供处理（提高了水质），也改善了环境。可以将湿地设计成野生生物栖息地或者设计成市区开放性的绿地。
环境修复指污水处理后以合格的水质向环境排放以保持水环境的流量，维持环境的功能。所要求的水处理则根据修复环境对污染物的同化容量而定。一般至少要求传统的二级（生物）处理和一定程度的消毒。而一些环境修复要求去除营养物质，加强消毒，当用作工业冷却水则要求先去除硬度、氨和溶解性固体。有些环境修复则要求更高级的处理方式，如去除营养物质等。