1、微生物粘泥导致系统失效 冷却水中的微生物一般是指细菌和藻类。在新鲜水中，一般来说细菌和藻类都较少。但在循环水中，由于水中营养成分的浓缩，水温的升高和日光的照射，给细菌和藻类创造了迅速繁殖的条件。大量细菌分泌出粘液和藻类产生的粘性物质就像粘合剂一样，能使水中飘浮的灰。
2、水垢析出降低传热效率 一般天然水中都溶解有重碳酸盐，这种盐是冷却水发生水垢附着的主要成分。盐的浓度随着蒸发浓缩而增加，当盐的浓度达到饱和状态时，或者经过换热器传热表面使水温升高时，会发生反应促使了反应向正反应方向进行，这样CaCO3沉淀就附着在换热器的传热表面，积累形成致密的碳酸盐水垢，使传热表面的传热性能下降。不同的水垢，其导热系数不同，但一般不超过1.16w/m·k，远远低于钢材的导热系数45w/m·k。所以，水垢必然造成换热器的传热效率下降。水垢附着的危害很大，轻者降低换热器的传热效率影响产量；重者堵塞管道，影响安全生产。
3、设备腐蚀影响生产和缩短使用寿命
在循环水处理冷却水系统中，很多设备都是金属制造的换热器。对于碳钢制造的换热器，长期使用会发生腐蚀穿孔，腐蚀的原因是由多种因素综合造形成的。
循环水处理中，由于流速的变化、冷却水的蒸发、水温的升高、各种有机物质和无机离子的浓缩，冷却水直接与空气接触使水中的含氧量升高，使水中的藻类繁殖很快，加上冷却水系统的飞溅损失、蒸发损失、排污损失和泄漏损失的影响，使系统的补水量较大。